Potensi pengembangan budidaya perikanan di Kota Tidore Kepulauan sangat menjanjikan. diantaranya adalah budidaya ikan kerapu dan Udang Vaname dengan menggunakan KJA di perairan kelurahan Jikocobo, perairan Tadupi dan pulau Woda, budidaya ikan bandeng di Pulau Mare dan Guraping, budidaya ikan air tawar (ikan nila, mas dan mujair) di Galala dan Guraping Kecamatan Oba Utara dan desa Koli Kecamatan Oba. Luas areal budidaya di Kota Tidore Kepulauan meliputi Budidaya air tawar 5.077 m² , budidaya air payau 3.125 m² dan budidaya air laut 306,9 Ha
Untuk meningkatkan aktifitas budidaya perikanan, maka pemerintah Kota Tidore Kepulauan telah mencanangkan kawasan Jiko Cobo Kec. Tidore Timur sebagai kawasan budidaya perikanan seluas 21,9 hektar dengan komoditas unggulannya adalah ikan kerapu dan udang vaname.
Pengembangan kawasan budidaya perikanan air laut juga direncanakan akan dikembangkan di perairan desa Tadupi (143 Ha) dan Woda kecamatan Oba Tengah, (45,4 ha) dan perairan sekitar pulau Joji dan Guraping Kec. Oba Utara seluas 97 Ha, untuk tahun 2022 sementara pembangunan pengembangan budidaya Perikanan udang vaname (1,2 Ha) dengan system Budidaya intensif di Desa Ake Dotilou Kecamatan Oba Tengah Kota Tidore Kepulauan.