Komoditas unggulan di sektor perikanan tangkap di Kota Tidore berdasarkan analisis komoditas unggulan adalah ikan tongkol. Selama tahun 2021, produksi ikan tongkol di Kota Tidore adalah sebesar 4.517.528 kg atau sebesar hampir 22% produksi Maluku Utara. Produksi ikan tongkol di Kota Tidore dapat memenuhi kebutuhan masyarakat di Kota tidore selama tahun 2021 dan juga dapat diekspor ke luar daerah di Maluku Utara. Di perikanan budidaya, komoditas yang memiliki potensi menjadi komoditas unggulan adalah komoditas udang vaname. Produksi udang vaname di Kota Tidore periode 2018-2021 adalah sebesar 5.05 ton. Pada tahun 2021, produksi udang vaname tercata sebesar 1.30 ton.