Penentuan komoditas unggulan di sektor perikanan bertujuan untuk mengedepankan konsep efisiensi dalam pengembangan sektor perikanan di Kabupaten Halmahera Barat. Dengan ditetapkannya komoditas unggulan, upaya Pemerintah baik dalam hal pemberian stimulus maupun target investasi menjadi lebih terarah dan tepat sasaran. KAPITA menghadirkan analisis komoditas unggulan berdasarkan keunggulan komparatif dari produksi yang dihasilkan setiap tahun. Berdasarkan hasil analisis komoditas unggulan tersebut, komoditas unggulan di sektor perikanan tangkap Halmahera Barat adalah ikan cakalang dan tongkol. Dua komoditas ini terbukti memiliki keunggulan komparatif dimana hasil produksi di Halmahera Barat dapat memenuhi kebutuhan di wilayah tersebut dan juga dapat diekspor ke daerah lain di Maluku Utara. Pada 2021, produksi dua komoditas unggulan (cakalang dan tongkol) adalah sebesar 5.617.727 kg.
Sementara itu, komoditas udang vaname merupakan komoditas perikanan budidaya yang memiliki potensi besar dan menjadi target pengembangan sektor perikanan di Halmahera Barat. Selain menjadi komoditas unggulan yang dapat memenuhi kebutuhan domestic, udang vadame dari Halmahera Barat juga mampu menembus pasar internasional. Selama tahun 2020, tercatat produksi udang vaname di Kabupaten Halmahera Barat sebesar kg atau … persen produksi di Maluku Utara. Pada 2021, sebagai bentuk upaya Pemerintah mendorong potensi produksi udang vaname, 200ribu benih udang vaname dikembangkan untuk memenuhi target produksi 13 ton. Pengembangan ini tentu membutuhkan dorongan berupa investasi dalam bentuk inovasi teknologi serta peningkatan kemampuan managerial masyarakat.