Awalnya benteng ini merupakan bekas benteng Portugis yang lebuh di kenal dengan sebutan benteng “ Malayo “, kemudian pada tahun 1606 Belanda bekerjasama dengan kesultanan Ternate untuk membangun pusat dagang VOC. Benteng ini kemudian dibangun pada tahun 1607 oleh Gubernur Jenderal Belanda Cornelis Matchief de Jonge selama 2 tahun. Benteng ini pernah menjadi pusat dagang VOC pertama di Asia. Setelah 12 tahun kemudian Gubernur Jenderal Jan Pieterszoon Coen memindahkan pusat dagang VOC dari pulau Ternate ke Batavia. Di dalam benteng terdapat sebuah kantor Gubernur VOC yang masih terawat, sumur tua dan sejumlah meriam serta peninggalan sejarah lainnya.